Его отец был родом из Аугсбурга, но Мартин, пятый из сыновей Каспара, родился уже после переселения семьи в Кольмар. Его отец и братья были золотых дел мастерами. Но Мартина, обладавшего исключительными способностями, определили по духовной части и в двенадцатилетнем возрасте отправили в Лейпцигский университет. Но уже в 1466 году он отказался от карьеры священника, предпочтя ей отцовское ремесло, и вернулся в Кольмар.
В тот период Кольмар был значительным немецким культурным центром в верховьях Рейна. Только в 1648 году после окончания Тридцатилетней войны и подписания Вестфальского мира, Кольмар, как и значительная часть Эльзаса, впервые отошел к Франции.
Очевидно первые уроки живописи Мартин получил в мастерской своего отца. Обращение с металлами и научило художника твердому рисунку и технике гравирования. Затем юноша брал уроки у мастеров гильдии живописцев, членом которой он стал впоследствии.
Мартин Шонгауэр, еще будучи подмастерьем, был хорошо знаком с нидерландской школой живописи, что позволило Вазари считать его учеником Ван дер Вейдена. В самом деле, монументальный стиль нидерландского мастера отражается в ранних произведениях Шонгауэра.
Известно, что молодой художник совершил путешествие в Нидерланды и после возвращения домой Мартин Шонгауэр сразу стал признанным мастером. Городские архивные документы говорят о нем как о состоятельном человеке, владельце нескольких домов в Кольмаре и Брейзахе и главе большой мастерской. Этот мастер, который вошел в историю искусства прежде всего как выдающийся гравер, у современников пользовался известностью в первую очередь как живописец.
Обучение ювелирному делу и влияние Рогира ван дер Вейдена предопределили линейность манеры художника. Шонгауэра интересует здесь не только развитие сюжета, но и анатомия, мельчайшие детали декора. Его мягкий рисунок, сведенный только к основным моментам, придает фигурам присущую им пластическую выразительность.
Картин Шонгауера осталось очень мало, графическое творчество художника включает в себя 115 гравюр и сотню рисунков, половина из которых не сохранилась, но известна по копиям того времени. К сожалению, не сохранился его автопортрет, но есть копия работы Ганса Бургкмайра.
Но даже то немногое, что сохранилось из живописных и графических работ Мартина Шогауэра, показывает замечательного художника, талант которого не успел раскрыться полностью. Он умер молодым, но очень известным художником.
Хотя его имя неоднократно упоминается в земельном регистре Кольмара, он, так никогда и не получил звание гражданина этого города. Около 1488 Шонгауэр уезжает в Брайзах-на-Рейне, где становится гражданином города и официальным художником.
Последней работой Шонгауэра стала роспись собора Св.Стефана (нем.Stephansmünster) в немецком городе Брайзах-на-Рейне, но в 1491 году он умер от чумы в самом расцвете сил, ему было около 40 лет.
Из-за смерти мастера эти огромные (более 100 кв.м) фрески собора Св.Стефана, выполненные по мотивам сюжетов Страшного суда, так и остались незаконченными.
Сохранилось мало картин Мартина Шонгауера. По всей вероятности, большое число его произведений погибло во время иконоборческого движения в 16 веке и в дни Французской революции (Кольмар принадлежал тогда Франции).
Мартин Шонгауэр был не только живописцем, но и крупнейшим рисовальщиком и гравёром того периода. Есть сведения, что великий немецкий художник Альбрехт Дюрер в юности собирался стать учеником Шонгауэра и отправился в путь, однако не застал художника в живых.
Мартин Шонгауэр основал в Кольмаре школу гравюры, из которой выросли «Малые мастера» (нем.Kleinmeister) следующего поколения, а также большая группа нюрнбергских художников.
Работы Шонгауэра отличаются филигранной тонкостью рисунка и тщательной проработкой деталей, напоминая драгоценные украшения. За красоту произведений художника прозвали Прекрасным Мартином (нем.Martin Shön).
Он стал первым в Германии значительным мастером, овладевшим резцом с уверенностью и удивительной свободой, умевшим преодолевать все технические трудности и воплощать свои прочувствованные, благородные, иногда даже величественные композиции.
