Переход власти к Генриху III в 1039 году совершился спокойно. 22-летний принц давно уже был посвящен в дела и пользовался общим доверием. Хорошо воспитанный и образованный, он был женат на дочери датского короля Гунхильде - это имя было переделано в Германии на общепринятый лад в Кунигунду, но она умерла после двухлетнего супружества в 1038 году.
Осенью 1043 года молодой король вторично вступил в брак с принцессой Агнессой де Пуатье, дочерью богатейшего и могущественного герцога Гильома Аквитанского.
Свадьбу отпраздновали в Ингельхайме, куда съехалось в ожидании богатой благостыни великое множество всякого народа: музыкантов, фигляров, певцов, преимущественно из Южной Франции, почитавшейся тогда классической страной всех вольных искусств. Но эти люди ошиблись в расчете, потому что степенный король не выказал им никакого благоволения. Духовенство, давно осуждавшее такие потехи, разделяло в этом случае воззрения короля и заняло враждебную народу позицию.
Поездка Генриха III в Рим была важным событием. От нее ожидали большого влияния на церковные дела, давно находившиеся в критическом состоянии.
С одной стороны, в жизнь духовенства все шире вторгался мирской элемент, которому и так уже настежь были открыты двери. Здравые умы с прискорбием взирали на грубое насилие, наглое лукавство, бражничанье, разврат, столь резко противоречащие предписаниям церковной нравственности, требовавшей почти невозможного самоотречения.
С другой стороны - окрепла могущественная партия, сознававшая необходимость церковных реформ. Ее центром был монастырь в Клюни, основанный герцогом Гильомом Аквитанским в 910 году и принявший устав святого Бенедикта подобно многим другим.
Этот монастырь, подчиненный непосредственно римской церкви и ставший главой многочисленных основанных им или добровольно приписавшихся к нему обителей, скоро приобрел большое значение в качестве главы целой конгрегации. Эта оппозиция ратовала против т.н. симонии - торговли духовными местами, покупки или обмен церковных должностей и званий за деньги или земли.
Король Генрих из уважения к церкви и строгой нравственности осудил симонию, выражая это при каждом торжественном случае. Тем временем на папском престоле сменялись папы, антипапы, среди которых были не самые достойные люди. Папа Григорий VI признал себя виновным и отрекся от своего греховно добытого сана. Другие папы были низложены, и Генриху III предстояло избрание нового главы церкви.
Выбор Генриха пал на епископа Бамбергского, знатного саксонца Суидгера, который неохотно покинул свою епархию, чтобы стать папой. Это был безупречнейший человек. Он принял имя Климента II и совершил коронование императора в день рождества 1046 года. Так Генрих III стал императором «Священной Римской империи». В мае того же года он вернулся в Германию.
Но через год Климент II умер в Риме в 1047 году и здесь вновь начались смуты. Генрих скоро расправился с мятежом в Италии. Назначенный им папа, бриксенский епископ Поппо, вступил на папский престол под именем Дамаса II (1048). После его смерти Император указал римским посланцам на Туля Бруно, как на достойнейшего, который стал папой под именем Лев IX. В течение короткого времени императорская и папская власть действовали заодно. Представителями той и другой были люди замечательные, и в первые годы правления Льва IX его деятельность была возвышенной, одушевленной благороднейшими намерениями.
Казалось, наступает счастливое время. У императора после семилетнего брака в 1050 году наконец родился сын. Радость была велика, и император в длинном любезном, по обычаю того времени, письме приглашал аббата Клюнийского Гуго быть восприемником мальчика. Крестины происходили в Кёльне на пасху 1051 года. Обряд совершал архиепископ Герман, один из значительнейших и вернейших сторонников императора.
Среди немецких князей, которым ненавистно было строгое и разумное управление Генриха, возник заговор, во главе которого стоял дядя императора, епископ Регенсбургский Гебхард. Речь шла об убийстве Генриха: вельфский обычай - не затрудняться ни ядом, ни кинжалом - начинал прививаться и в Германии. Заговор был раскрыт, епископ схвачен прежде, чем успел заподозрить опасность.
Дела на востоке были неудовлетворительны. Венгрия не усмирена, в Чехии новый герцог, преемник Бржетислава, был ненадежен, в Вендской земле лютичи снова впали в язычество. Император мог помиловать своего дядю, и с герцогом Лотарингским у него установились хорошие отношения (1056).
В сентябре того же года Генрих отправился в Гослар, где воздвигал большие постройки. Здесь ему пришлось принять папу, которого он ожидал с нетерпением. Посещение было кстати. В Бодфельде, - крепости или охотничьем замке, куда его сопровождал папа, он получил известие о поражении имперцев от лютичей.
Эта весть так подействовала на него, человека впечатлительного и никогда не обладавшего крепким здоровьем, что он заболел лихорадкой. Генрих III успел составить завещание. У одра умирающего успели собраться многие князья и епископы. Они обязались признать наследником его единственного сына. Затем, объявив обширную амнистию, император Генрих III скончался 5 октября 1056 года. Ему было всего 39 лет. 28 числа того же месяца - день его рождения, - его похоронили в Шпейере, в соборе, где уже покоились Конрад и Гизела.