Сын Барбароссы Генрих-Фридрих ознаменовал свое короткое царствование (1190-1197) тем, что к собственным владениям Штауфенов (Гогенштауфенов) присоединил еще Неаполитанское королевство. Дом нормандских завоевателей прекратился, а наследница их короны - Констанция, дочь Рожера II, отдала свою руку Генриху VI.
В период малолетства Генриха-Фридриха возобновились в Германии междоусобцы за императорскую корону между Баварским и Швабским домом, и на некоторое время корона перешла в Баварский дом к Оттону IV, сыну Генриха Льва. Между тем Фридрих воспитывался в Италии под опекой знаменитого папы Иннокентия III. Этот папа более других напоминал Григория VII.
Возмужав, Фридрих II вступил на германский престол (1218—1250). Он получил прекрасное образование, так что имел обширные сведения почти по всем областям знания; но особенно он любил природоведение и написал даже книгу о птицах; знал много языков, в том числе и арабский, высоко ценил арабскую литературу. Фридрих II любил поэзию и сам был миннезингером; двор его служил приютом поэтов, художников и ученых.
Будучи по матери итальянцем, проведя в Италии свои юные годы, Фридрих, даже занимая императорский трон, предпочитал жить в этой стране, заботясь главным образом об устройстве и благосостоянии Неаполитанского королевства.
Фридрих II основал в Неаполе университет и издал для Южной Италии новое уложение, составленное при помощи его ученого канцлера и любимца Петра Винейского. По этому уложению феодалы подчинялись суду императорских наместников наравне с другими классами населения, права городского сословия были расширены, и депутаты городов заседали теперь на сеймах рядом с баронами и высшим духовенством.
Но его веротерпимость и тенденция к уравнению сословий скоро восстановили против него папство; обладая императорской короной Германии, а также Верхней и Нижней Италией, он являлся могущественным и слишком опасным противником папских притязаний.
Поэтому преемники Иннокентия Ш (Григорий IX и Иннокентий IV) вступили с ним в ожесточенную борьбу, не раз предавали его проклятию и настраивали против него подданных.
В Германии и Италии почти беспрерывно шли войны между партиями. Особенно в Италии в редком городе не враждовали между собой партии гвельфов и гибеллинов, даже в семействах часто одни члены были гибеллинами, а другие гвельфами и вражду свою сопровождали тайными убийствами и другими злодеяниями.
Ломбардские города возобновили свой прежний союз, восстали против императора и упорно отстаивали свою самостоятельность.
А в Германии папская партия, на основании нового отлучения Фридриха от Церкви, избрала другого императора (сначала ландграфа тюрингского Генриха, а после его поражения графа Вильгельма Голландского).
Фридрих мужественно боролся с врагами и в большинстве случаев оставался победителем. Но он изнемог в этой борьбе и умер.
Генрих, которому было всего 32 года, не отличался ни крепостью сложения, ни особо завидным здоровьем. Ничтожный случай (неосторожное употребление холодного питья в жаркий день) вызвал лихорадку, которая через несколько дней свела его в могилу во цвете лет и в полном развитии могущества. Гробница императора Генриха VI в соборе Палермо.
Сын Фридриха II Конрад быд последним императором из дома Гогенштауфенов, он царствовал только четыре года и оставил малолетнего сына Конрадина. В руках Гогенштауфенов оставались еще Неаполь и Сицилия, которыми владел теперь Манфред, брат Конрада IV. Но их непримиримые враги, папы, не хотели успокоиться до тех пор, пока не были отняты все итальянские земли Гогенштауфенов и не ушла в небытие сама фамилия.
Папа Урбан IV предложил Неаполитанское королевство в управление французскому принцу Карлу Анжуйскому (брату Людовика IX). Карл принял предложение и с помощью французских рыцарей завоевал Неаполь и Сицилию и признал себя вассалом папы. (Храбрый Манфред пал в битве при Беневенто, в 1260 году.) Карл был государем суровым и корыстолюбивым, обременял жителей непомерными налогами и жестоко преследовал людей, приверженных партии гибеллинов.
Выведенные из терпения, неаполитанцы призвали на помощь молодого Конрадина, который в то время скромно жил в Баварии вместе с матерью; своим мужеством и одаренностью он подавал надежду стать достойным главой утесненной партии гибеллинов.
Несмотря на слезы матери, Конрадин принял приглашение неаполитанцев и с небольшой дружиной отправился в Италию, чтобы возвратить оружием свое наследственное королевство.
Гибеллины встретили его с восторгом, и первоначально он имел успех в войне с папой и Карлом Анжуйским. Но в главной битве (при Тальякоцо) рыцари-гибеллины слишком увлеклись преследованием бегущего неприятеля и попали в засаду, которую приготовил им хитрый Карл.
Конрадин, переодетый, пробрался к морскому берегу, но был изменнически схвачен и отправлен в тюрьму. Вопреки всем рыцарским и международным обычаям, Карл осудил его на смерть, как тяжкого преступника. В 1268 году на одной из неаполитанских площадей был обезглавлен последний Гогенштауфен. Жестокосердный Карл равнодушно смотрел на казнь из окна соседнего замка. Так печально прекратила свое существование династи Гогенштауфенов.
С падением Штауфенов (1268) фактически пришел конец универсальной императорской власти на Западе. Центробежные силы мешали Германии стать национальным государством - процесс, который в то время в других странах Западной Европы уже начался.